Fredrik Ekelund är född i Uppsala i en läkarfamilj. När han var nio år gammal flyttade familjen till Malmö där han bodde under sin uppväxt. Han arbetade under fem år på ett stuveribolag i Malmö och studerade sedan litteraturvetenskap i Lund och Paris. Han har sedan bott i Frankrike under flera perioder. Han har även arbetat både som översättare och tolk. Numera är han bosatt i Malmö.
1984 debuterade han med romanen Stuv Malmö, kom!, en frisk och rolig skildring av Malmö hamn och de erfarenheter ”skolepågen” Hasse får göra där. Fredrik Ekelund har sedan dess publicerat både diktsamlingar och romaner. 2003 publicerade han sin första kriminalroman, Pojken i eken, som utspelas i Malmö.